Το μείζον διακύβευμα που αντιμετώπισε ο αναθεωρητικός νομοθέτης του 2001 όσον αφορά τη συνταγματική ρύθμιση των ανεξάρτητων αρχών συναρτάται με το ζήτημα της δημοκρατικής τους νομιμοποίησης. Το ζήτημα αυτό άπτεται εν τέλει της αποσαφήνισης της ειδικότερης σχέσης των ανεξάρτητων αρχών με τη νομοθετική, την εκτελεστική και τη δικαστική εξουσία. Επ’ αυτών η παρέμβαση του συνταγματικού νομοθέτη του 2001 ανέδειξε τρεις κρίσιμες πτυχές ως προς τη θέση και τη λειτουργία των ανεξάρτητων αρχών: Πρώτον, οι ανεξάρτητες αρχές δεν διαθέτουν αρμοδιότητα θέσπισης κανόνων δικαίου με δεσμευτική ισχύ erga omnes πρωτευόντως, δηλαδή χωρίς την παροχή νομοθετικής εξουσιοδότησης. Αντίθετα, διαθέτουν με βάση το άρθρο 43 παρ. 2 εδ. β΄ του Συντάγματος και την ειδική νομοθεσία που διέπει εκάστη εξ αυτών «περιορισμένη αλλά όχι ευκαταφρόνητη κανονιστική αρμοδιότητα». Δεύτερον, οι ανεξάρτητες αρχές δεν υπόκεινται σε ιεραρχικό έλεγχο ούτε σε διοικητική εποπτεία από τον καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργό ή από οποιοδήποτε άλλο όργανο της εκτελεστικής εξουσίας, διασφαλίζεται η δημοσιονομική τους αυτοτέλεια και κατοχυρώνεται η ικανότητά τους να παρίστανται αυτοτελώς ενώπιον δικαστηρίων. Τρίτον, ως προς τη σχέση τους με τη δικαστική λειτουργία, οι εκτελεστές πράξεις των ανεξάρτητων αρχών υπόκεινται σε δικαστικό έλεγχο, ενώ διασφαλίζεται πλέον και η δυνατότητα κίνησης ενδοστρεφούς δίκης από τον αρμόδιο Υπουργό κατά των εν λόγω εκτελεστών πράξεων.
Ωστόσο δεν φαίνεται να καλύπτεται επαρκώς από τις συνταγματικές ρυθμίσεις, αλλά και τη νομοθετική τους εξειδίκευση, το κρίσιμο ζήτημα του πολιτικού ελέγχου των ανεξάρτητων αρχών. Επιχειρώντας να απαντήσει στο ερώτημα κατά πόσον συμβιβάζεται με τη συνταγματική τάξη, την αρχή της νομιμότητας και, γενικότερα, με τη λειτουργία του δημοκρατικού πολιτεύματος η ανάθεση κρατικών λειτουργιών και αρμοδιοτήτων σε όργανα τα οποία εκφεύγουν της κυβερνητικής εποπτείας, ο συνταγματικός νομοθέτης θέσπισε ρητά, στο άρθρο 101 Α παρ. 3 Συντ., την υπαγωγή των ανεξάρτητων αρχών στο πεδίο του κοινοβουλευτικού ελέγχου. Παρ’ όλα αυτά, εύστοχα επισημάνθηκε ότι η προσέγγιση των σχέσεων μεταξύ Κοινοβουλίου και ανεξάρτητων αρχών με την παραδοσιακή λογική του κοινοβουλευτικού ελέγχου είναι εξ ορισμού παραπλανητική. Δεν υπάρχει αμφιβολία ότι ο έλεγχος των ανεξαρτήτων αρχών από τη λαϊκή αντιπροσωπεία είναι ανεπαρκής. Σύμφωνα με μια άποψη εναπόκειται κατ’ ουσίαν στην πολιτική ευαισθησία των μελών τους να λάβουν υπόψη την «δυσαρμονία» με μεγάλη μερίδα της Βουλής. Είναι όμως αμφίβολο αν μπορεί να προσφύγει κανείς στην πολιτική ευαισθησία προσώπων που εξ ορισμού επιλέγονται και λειτουργούν με γνώμονα τεχνοκρατικά και όχι πολιτικά κριτήρια, στο πλαίσιο οργάνων που, επίσης εξ ορισμού, επαγγέλλονται την ανεξαρτησία τους έναντι της πολιτικής τάξης και αποσκοπούν στην ουδετεροποίηση, την αποπολιτικοποίηση πεδίων της κρατικής δράσης.
Εν προκειμένω αναδεικνύεται σε όλη της την έκταση η ένταση μεταξύ ανεξάρτητων αρχών και πολιτικής τάξης. Ήδη, στο πλαίσιο της επιλογής τους, τα μέλη των ανεξάρτητων αρχών διασφαλίζουν την ανεξαρτησία τους έναντι των πολιτικών κομμάτων, χάρη στο συνταγματικό μηχανισμό της ενισχυμένης κοινοβουλευτικής πλειοψηφίας. Πέραν τούτου, οι εγγυήσεις προσωπικής ανεξαρτησίας έναντι των πολιτικών κομμάτων συναρμόζονται με το θεμελιώδες χαρακτηριστικό της λειτουργίας τους, που συνίσταται στην πολιτική ουδετερότητα. Αναπόφευκτα, η προσωπική ανεξαρτησία και η πολιτική ουδετερότητα των μελών των ανεξάρτητων αρχών δεν συμβιβάζεται με τη φύση του κοινοβουλευτικού ελέγχου, που είναι συναρτημένη με τον κομματικό ανταγωνισμό.